Ngày 6-4-2020 UBND thành phố có chỉ đạo kiểm soát tại các tuyến đường sông ra, vào thành phố để phòng, chống dịch COVID-19. Theo đó, UBND TP quyết định thành lập 3 chốt kiểm soát cấp thành phố tại 3 cảng Hoàng Diệu, Vật Cách, Nam Ninh, biên chế mỗi chốt 20 người, do lực lượng Biên phòng làm chốt trưởng, Công an chốt phó và các thành viên của Sở Y tế, Sở Giao thông vận tải, chủ cảng, thời gian thực hiện từ ngày 7-4-2020.
Lực lượng T Phòng Cảnh sát đường thủy CATP phối hợp kiểm soát người và phương tiện tại khu vực cảng Vật Cách
Các chốt có nhiệm vụ kiểm tra giám sát thuyền viên của các phương tiện thủy vào cảng; công nhân bốc xếp, lái xe ra vào cảng và các nhân viên phục vụ khách, chấp hành các quy định về phòng, chống dịch COVID-19. Đối với những người đi trên phương tiện nhưng không phải là thành viên trên tầu thì thông báo ngay cho các địa phương nơi đặt chốt để tổ chức cách ly y tế theo quy định. Các thuyền viên thực hiện khai báo y tế, đo thân nhiệt, đeo khẩu trang và không được lên bờ; chỉ được phép lên bờ trong trường hợp cần thiết và trong phạm vi khu vực cảng, nếu ra ngoài khu vực cảng thì phải thực hiện cách ly theo quy định. Các lái xe thực hiện đeo khẩu trang, đo thân nhiệt, khai báo lịch trình di chuyển của phương tiện.
Đối với các cảng bến thủy nội địa trên địa bàn thành phố: giao UBND các quận, huyện chỉ đạo UBND các phường, xã, thị trấn phối hợp với chủ hàng, bến thủy nội địa, bến hàng hóa trên địa bàn để kiểm soát chặt chẽ; tuyệt đối không để lọt người từ các tỉnh, thành phố khác vào địa bàn thành phố và thuyền viên chỉ di chuyển trong khu vục cảng, bến thủy nội địa.